比起他的先祖来，嘉庆实在是个运气很糟糕的皇帝，他改元第一年的正月初八，白莲教就开始造反了。这场１８４０年之前最大规模的民变让嘉庆和他的政府元气大伤，史学家称之为“清帝国由盛转衰的重要标志”。之后又有无为教、龙天教、黄门道等秘密教会的悄悄活动。到了嘉庆十八年，终于又爆发了天理教的造反运动。
嘉庆十八年（１８１３年）九、十月间，在河南、直隶、山东三省交界地带和京畿地区爆发了以林清、李文成为首的天理教民变。造反的教民先后攻占了河南滑县，直隶长垣，山东定陶、曹县等地。秘密活动于京城大兴、宛平一带的天理教徒在宫中太监的接应之下攻入皇宫，“酿成汉唐宋明未有之事”。嘉庆皇帝还装模做样地为此下诏“罪己”，并在临终前告诫群臣，“永不忘十八年之变”。平变之后，混战中射在隆宗门上的一个箭镞，一直被保留了下来。嘉庆希望这个箭镞能够对爱新觉罗皇室的子孙们保持一种紧迫：务必宽仁爱民，勿为“害民之虐事”。尽管天理教民变没有嘉庆初川陕白莲教民变的规模，但其深入皇宫的事实确实让满清政府感到惊悸不安。
黄仁宇先生谓：中国的民变，通常在开始时，带有几分离奇和神秘的色彩。其原因则是一般农民安土重迁，除非有剧烈的天灾人祸，很少机会能促使大量的人口铤而走险。并且纵使他们被投入变乱的大熔炉，也仍要通俗的宗教思想，有如苍天代黄天，弥勒再生等等传说与观念，发动精神上的力量，去支持其大规模的暴动。又要待这两种因素牵连在一起，酝酿到一段时期之后，这民变才引导出某种有迹象可循的社会运动，使我们能够考究其在历史上的真意义。天理教民变是完全符合这种模式的。
大凡民变，多由土地的产权不晰和经济的分配不均诸种矛盾激化而发生，天理教亦不例外。这方面的原因，以往学者多有分析，认为：乾隆中叶以后，地主阶级加紧掠夺土地，官吏大肆贪污，营私舞弊，从而加剧了直鲁豫三省的阶级矛盾。嘉庆年间，这一地区占有数百亩以至数千亩土地的大地主，比比皆是。而终岁辛勤劳动的农民，却仍然“服田力穑，乃亦有秋季啼儿号寒，几于无生”。三省官吏之贪污，使这里的“积欠”越来越多，地方官伺机将亏空强加于农民身上。嘉庆十七、八年，直鲁豫三省连遭天灾，到处欠收，广大农民衣食无着，地方官又趁机催科、派差，更加重了农民的负担，从而引发了这场农民起义。以嘉道时期官吏腐败的情形来看，这分析大致不差。唯一值得商榷的是，三省遭灾，地方官员已只不过照常行事而已，催科、派差只是按照往年的规模和形式，谈不上什么“趁机”。地方官吏，即使贪虐异常，亦不愿激起民变。因这关乎他们的顶带和性命，是冒险不得的。《大清律例》规定：“凡（有司）牧民之官，（平日）失于抚字，非法行事（使之不堪），激变良民，因而聚众反叛、失陷城池者，斩（监候）。（止反叛而城池未陷者，依守御官抚绥无方，致军人反叛，按充军律奏请。）”然而催科、派差也是上头的任务，在没有得到免丁差的圣旨之前，他们同样不敢马虎，《大清律例》亦有规定，因条目烦琐，就不多说了。所以，帝国时代的官员虽然表面上威风凛凛，内心却是极其痛苦的，更有的已经麻木了。尤其在“第三帝国”。
另外，秘密教会的发展也决定了其造反的必然。民变利用宗教，无非是利用其为它的合法化与合理化找借口。至于秘密教会本身，亦非“农民的宗教”或“被压迫阶级的宗教”。秘密教会的首领最初的目的多为敛财，等到会社发展到一定之规模，必然萌发登基称帝的野心，希望利用会社势力，实现其“政治抱负”。而农民加入秘密教会的缘由，是希望能够借助其力量改善自己的地位与处境，亦非纯正的宗教信仰。并且中国的民间，本就没有真正的宗教信仰，民众大多带着世俗的目的参加，故而缺乏改革的精神力量。这种状况决定了除非在政府力量严重衰弱的朝代，否则民变大多没有什么好下场。林清与李文成的经历和天理教暴动本身都能说明这个问题。
我们今日谈论天理教民变，就不得不说起天理教的由来。然两百年后再追溯这段历史，我们又很难于仓促之间得出一个确切的结论。前人亦留下很多传说和史料，今日却也难辨其真伪。有人称其为白莲教的一个分支，或曰“乃白莲教支派八卦教的别名”，或曰“天理教是白莲教的一支，原名荣华会或龙华会，又名白阳教，八卦教”。这种说法，有很多牵强附会的嫌疑。倒是“天理教是林清、李文成、冯克善将京畿地区的白阳教、坎卦教和直豫鲁三省交界地区以震、离二卦为核心的八卦教联合之后的新组织”的说法比较接近真实。事实是：嘉庆年间在直隶京畿和河南一带流传的天理教，是由京畿一带的红阳教与坎卦教，河南八卦教中震卦教等秘密教会融合而成的。
红阳教原为八卦教中坎卦教之分支，明清之交时便已在京城和京畿民间流传，尤其是宛平、大兴一带。嘉庆年间更是以治病相号召，吸收了许多妇女入教。直隶束鹿县的红阳教甚至专门收夫故绝嗣寡妇入教。它所念咒语也没有什么特别之处，无非治病消灾之类，道是它供奉的“飘高老祖”有些与众不同。其时势力之大，已拥有荣华会、白阳教等支流。红阳教之部分，后来加入了天理教。其他组成分支的加入与整个天理教领导权，则多由林清、李文成不择手段得来。
关于林清，清代笔记《啸亭杂录》有记录：
有林清者，本籍浙江，久居京邸，住京南宋家庄。幼为王提督柄弄童，随王于苗疆久，颇解武伎，遂为彼教所推，尊为法祖。其人硕身黧面……
这段逸闻并未见于其他史料，唯《靖逆记》中有与“王提督之家奴王五相往来”的文字。然对其身世，《靖逆记》却记载得颇为详细：
林清，顺天府大兴县人。其先世居浙江绍兴，父先本自浙北徙，侨居大兴县黄村之宋家庄，充南路巡检司书吏。清少无赖，先本捶挞之，不克悛，屏处药肆，习贾人业。体生疡疽，贾人逐之。清大困，为宣武佣役，击柝守夜。先本卒，清充黄村书吏，旋革去，乃往江南充粮道署役，复役丹阳县署。清有口给，能营贿赂所得，即散去若粪土。及事觉，官绳以法，清潜逃后窘甚，附粮艘短纤至通州，归宋家庄，偕诸无赖少年贩鹌鹑于京师西安门外。有王将军者，清为书吏时旧相识，与其家人同开雀鸟铺，分金不均，且奢用无节制，又见逐。嘉庆丙寅依其甥董国太家。
林清事败被捕后，其甥董国太受株连，审讯中所供甚详：
我外祖林原是绍兴人，移住大兴黄村地方，在黄村巡检衙门当书吏，又充南路厅稿工。我舅舅林清于十七岁时曾在京中西单牌楼南首路西九如堂药铺内学徒三年，学会手艺，并略懂医病，就出了九如堂，到三里河不记店名药铺内做伙计，每月得工食京钱六千。因他常在外嫖娼，身生疮毒，被药铺逐出，他就雇给顺城门外街道上打更。其时我外祖父已死，黄村衙门书吏缺底顶与别人，每年给我外祖母京钱五千。后来那顶缺的不肯给钱，我外祖母在南路厅控告，要将书吏缺底归还我舅舅充当。南路厅批准，我舅舅就接充了有一年。因浑河办工私折夫价，被本官查出革退，就在黄村将所折夫价做本钱，同他大姐夫崔老伙开茶馆，约有半年。他终日赌钱，亏输折本，崔老不依，将他撵了。他就偷扒边墙出口，到热河投在汗巴大人处管布达拉石作工程，得了些钱。回到黄村，每日吃喝嫖赌，把钱花完了，就上苏州，找着他三姐夫施姓，替他转荐到四府粮道衙门当长随。后因本官丁忧，他跟了丹阳县知县。又因知县解铜去了，他到江宁一路替人医病，赚得钱文，随手花费。后来不能存活，雇给粮船上拉纤，回到通州。……回到我家住了几天，上京来至顺城门外，相素识的旗人平老二雀鸟铺内赊了鹌鹑，在街上挑买。后来西安门内光明殿地方姓王的老爷，听说是做将军的，因买鹌鹑认识。看他的相，说他有出息，交给他京钱一千吊，伙开雀鸟铺。他娶了一个女人，仍旧混花，把本钱花光。那时王老爷死了，王少爷本要将他送官。他再日恳求，才饶了他，撵了出来，在宋家庄租房。居住数月，因他女人身死，他往张家口讨鹌鹑帐去了，至嘉庆十一年方回。我母亲因我父亲已死，叫他住在我家照料家务。
《靖逆记》的成书与《董国太供词》均距天理教民变不远，应该较为可信。所以我们可以由此得出判断，林清并非一位遭受巨大压迫的农民，而是一位吃喝嫖赌无所不为的流氓无产者。因此他加入坎卦教也并非为了“反抗清朝统治者的残暴”或者“为农民谋取福利”。这给阶级斗争论者以致命打击。林清最初的目的只是敛财，他道：“我先前入教，原希图敛钱。”但经济状况的好转和教内地位的提高却莫名其妙地改变了他行为的不检。《董国太供词》称“自从掌教，据说他不嫖赌了”。估计这与他确立自己在坎卦教的威信的目的有关。
坎卦教的首领原为郭潮俊，嘉庆十三年京畿红阳教被人告发，林清受到牵连吃了一场官司，却因为这个机缘夺取了坎卦教的权力。董国太供称：“十三年，他在家教书，因同会的陈茂林被陈茂功在保定府告发，牵连杖责，所有坎卦头目宋进耀、宋进会刘呈祥俱已充徒。郭潮俊亦不能办事，说我舅舅命大，让他做了教首。”而当时的情况却是，郭潮俊虽然资格较老，然“性怯懦，遇事畏葸”，得不到教徒拥护，“林清在保定打了官司回来，我因他势大，就将坎卦教交林清掌管”。
林清取得坎卦教领导权之后，又花费了一些精力统一了京畿一带的其他秘密教会，形成了一个势力庞大的坎卦教。林清嘉庆十三年曾与人道；“这教本名三阳教，分青、红、白三色名目，又名龙华会。因分八卦，又名八卦会，后又改名天理会。每日朝拜太阳，念诵经语，可免刀兵水火之厄。如遇荒乱时候，并可乘时图谋大事。”由此可见，嘉庆十三年的林清已经有了政治野心。天理教之名目也由于林清的活动而日隆。所以，嘉庆十六年他开始了联络直豫鲁三省八卦教的行动，并成功地在河南滑县将冯克善的离卦教、李文成的震卦教招至麾下。后来冯、李二人亦成为天理教暴动的核心人物。李文成之所以归附林清，全因他的震卦教教首位置乃林清助他夺来，教内骨干秦理事后供称：“梁健忠本系八卦会内九宫卦首，平日吃斋静坐，同教人都信服，帮给银两使用。李文成从前也敬奉他，自与林清结识后，因林清常说梁健忠所传道不真，李文成曾同众人到梁健忠家讲论，争做卦主。梁健忠因势力不敌，始将家存教内经卷、底簿交给李文成掌管。后来，李文成就敛取众人银钱，送林清使用。”林清在助李文成获取震卦教首领位置后，又引用《易经》“帝出于震”之语，令其他诸卦“各听约束”。这样李文成就变成了河南的八卦教总教主。为了报答林清，他又奉其为“十字归一”，遂有“八卦九宫，林李共掌”的局面。这时候统一的八卦教，已经易名为天理教，然教民们却仍然习惯以旧名相称呼。
秦宝琦先生认为，新形成的天理教，也同其他秘密教门一样，最初既没有明显的政治色彩，也没有造反思想。教首们主要着眼于传徒敛财。教首们为了敛钱，规定入教时必须交纳“根基钱”——“入教者俱输以钱，曰种福钱，又曰根基钱”。天理教给他们的承诺不过是“其家将来能与人富贵”，然而后来的事实证明，除了其首领之外，天理教并没有给教民们种福，也没有给他们带来长久幸运的根基，更没有富贵。教民们被自己的“宗教”领袖给欺骗了。
“根基钱”之数目，各地多寡不一，有“入教之始，每人纳钱二百文”，亦有“各给根基钱三百，三百三、四十不等”。有的农民干脆以粮食替代银钱，“交给粮食一、二升至一、二斗不等”。首领们则根据所纳“根基钱”的多寡，给各人决定来世得到之好处。除此之外，教民们还要向领袖们交纳“跟帐钱”，逢年过节，交纳奉献，“卦主受之”。
阶级斗争论者往往将天理教的敛钱行为美化，甚至为了政治需要不惜篡改历史事实，得出与史实完全相背的结论。他们说，“这种钱则纯粹是为了救青黄不接或荒年欠月的贫民的。由此可见，天理教的性质，是农民阶级和城市贫民的一个革命组织，是一个进步的秘密团体。”此等论调，在中国史学界是最不缺少的东西，一谈及“农民起义”，阻碍历史发展的也变成了“进步的”，流氓无产者的暴乱也变成“革命的”，政府的改革也变成了“苟延残喘”。事实却并非如此。秘密教会的首领向教民敛财，本无“革命”之意，无非供其一人挥霍，或购置田产，或为子弟捐官。真正救助贫民的，却不多见。
暴动前夕，林清、李文成更是大肆敛财，宣称：“凡有送给钱文、粮食者，许俟李文成事成之后，给与地亩、官职，每钱百文，许地一顷。粮食数石，许给官职，填写号簿，并开写合同纸片，交与本人做据。”这种民变首领玩惯了的把戏，在史学界竟然被认为是“推翻封建土地所有制”的举措。中国的农民，对于土地和权力有着极大的渴望，林清、李文成所利用的正是他们的这一心态。由此得出“推翻”结论，无疑痴人说梦。更何况，中国的民变首领，其素质大多不高，即使他攫取了政府领导权，改元称帝，农民们也会发现，他们给自己的领袖抛弃了。倘若林、李二人掌权，他哪里有那么多土地、官职给予教民？最后的结果不外乎是天理教被禁，教民的收据变成了废纸，甚至是杀头的证据。这样的事情，中国历史上并非没有。
天理教不是进步的，而是落后的。不但没有促进社会发展，反而阻碍了直豫鲁三省的经济，并且撒播了秘密教会民变的种子，实在是一种不好的举动。中国的农民本身就有性格上的缺陷，而中国又缺乏真正意义上的宗教，而清帝国的政治、经济、司法诸方面又远没有接受现代化的压力实施改良，这一切加上嘉庆十七、八年直豫鲁三省的天灾和政府的失察，终于酿成了天理教民变。
或许这样发展下去，林清和李文成不至于遭到杀身之祸，而是过着雍容华贵的生活，并且有无数教民供他调遣、使用；教民们也可以在这种虚幻的精神寄托中得到来生的安慰，而不至于为自己领袖的私欲受到株连；直豫鲁三省经济不会遭到重大打击，嘉庆皇帝也不必下诏“罪己”，慨叹“”此“汉唐宋明未有之事”。然而历史往往在偶然中改变了本来的面目。所以我们现在谈论“历史发展的必然性”时，不免带着些许困惑－－历史发展真有必然性吗？
林清并不满意自己现有的地位和权势，他幻想自己能够“图谋大事”，掌管整个国家，希望将嘉庆皇帝赶到东北老家去。但他的计划，却又非以前的造反，借恢复汉人江山之口。他的目的很赤裸。所以在大量敛财进行物质准备的同时，他与李文成也开始积极发展其组织，招兵买马扩大队伍。此时的林李两人，除了掌握了滑县和京畿天理教的领导权外，又通过弟子将势力向直豫鲁三省各地渗透。山东德州、曹县、金乡、定陶，也分别纳入了天理教的势力范围。
历史上被重复利用了不知多少次的谶纬也再次被林李二人拾掇起来。嘉庆十六年八月，钦天监奏称“彗星出西北方”。这不是一种好现象，按照谶纬学说，此兆“主兵象”。政府感到恐惧，就将这年的闰八月挪到了第二年的二月。李文成也通晓谶纬之术，认为他“彗星出西北”正预示了他们应该造反。经过反复推算，他将暴动的时间定为嘉庆十八年九月十五日，即正常礼法的八月十五。而此时的民间已有民谣：“八月中秋，中秋八月，黄花满地发。”李文成觉得这正好与自己的推算相吻合。现在我们重新反思这段历史，就不难发现：这首民谣很可能就是林清与李文成早已安排好的。九月，林清来到滑县，暴动的日期就这样被定了下来。
十七年七月，林清又来到滑县，与天理教的主要头目在道口镇开了个会（即是著名的“道口会议”），商讨暴动的具体步骤。在这次会议上，天理教确定了自己的领导排序。林清事后供称：“众人说我是太白金星下降，又说我该做天王，有卫辉的冯克善该做地王，李文成该做人王。将来事成之后，天下是人王的。天王、地王就同孔圣人、张天师一般。”其中层领导干部宫王和宫伯也确定了下来，共７２人（８宫王，６４宫伯）。暴动的旗帜、服色与联络暗号也分别确立。十一月，天理教更造出谶言：“现在姓李的应世，李文成应做人王。”“李文成即明朝的李自成。”李文成也以“李自成转世”自居，开始为自己登基称帝制造舆论。林清也在四处散布民谣：“若要白面贱，除非林清坐了殿。”造舆论，京畿通县一带的天理教也开始为民变制造舆论，在大周俞地方内流传着这样一首民谣充分显示了林清、李文成的政治野心：
大周俞有个刘三姐，
徒弟度有一万五。
大徒弟李朝佐，
二徒弟是小崔五。
大徒弟使的勾连枪，
二徒弟使的月牙斧
为了扩大暴动的队伍，林李二人还利用劫难将至，入教可以逢凶化吉的谣言吸引徒众。曰：“本年八九月间，白阳大动，刮黑风七昼夜，惟入教之人临时各给奉天开道小白旗，即可免祸。其余遭劫，一概死亡。”许多农民为了避免灾难纷纷入教，并且辗转相传，为林清诸人做了免费广告。天理教手段不止如此，他们还传言，不配合暴动的人就要杀掉（“凡无旗者尽杀之”），又有许多人为身家性命计而入教。如此一年许的经营，天理教的“政治家”们终于将直豫鲁三省的教民和无辜百姓引上了造反的末路。
天理教的领导集团于嘉庆十七年十一月聚集在京南大兴黄村林清家中。这次聚会确定了暴动的时间和规模：十八年九月十五在京畿、直隶、山东和河南同时发难，直豫鲁三省队伍迅速与京畿教民会合，以夺取政权。具体情形见于《靖逆记》：“冬十一月李文成来见林清于黄村，约明年九月十五午时，直隶、山东、河南同时起事。且曰：公此间兵少，滑县兵不下数万，仆当选精兵先期诈作商贾，陆陆续续驰至以助公，蔑不济矣！”同时，李文成还嘱咐林清：“必俟滑兵至，公乃发，毋轻举！”
然而李文成的作战计划却没有成功，林清也没有听从他“毋轻举”的劝告。九月十五，林清左等右等也没等来滑县一兵一卒。他的耐性不好，又好大喜功，以为凭借自己的力量加上内宫太监的接应，就会出其不意地攻下紫禁城。结果死的死伤的伤，一场大事业就这样崩溃了。
滑县的起事也遭遇了一些挫折，差点全盘崩溃。李文成已经责令下属牛亮臣率８００教民打造兵器，他自己则不停地组织与筹划，但因事机不密，滑县老岸司巡检刘斌获悉了他的计划。知县强克捷闻报，九月二日，李文成与牛亮臣便被衙门捕获，只是李文成虽遭严刑逼供，依然“坚不吐实”。强克捷十分恼怒，准备将李、牛二人“解省正法”。
李文成的被捕对于正在酝酿中的暴动是个巨大打击，好在教内骨干素来训练有素，其妻李张氏也有李闯夫人遗风，另一首领冯克善闻讯之后也迅速赶回，局面才逐渐扭转过来。九月初七早晨，天还没有完全亮，冯克善、李张氏与李文成的几个侄子就带领三千教徒攻进了滑县县城。刘斌和强克捷的家属被处死了，强克捷则弃城而逃。依照大清律，这是死罪。但政府并不知道内情，以为他已经力战而死，给他的恤典都已经颁布。强克捷逃到封邱县“拟为恢复计”，闻讯后不得不自杀。政府为面子计，一直没有将实情公诸于众。野史中也只是说他“从容捐躯”，以为是儒生行事的典范，对于大清律，他们倒不十分明了。
冯克善诸人救出李文成后，天理教的首领们就在滑县建立了临时性的军事政权。其首脑自然是李文成，这次他不称“人王”，而是自称“大明顺天李真主”，欲借李闯之名，完成自己的大业。此时的滑县，已然为天理教所掌握，至于“开帅府，设羽帐，帐中出令七传，呼声彻数里”的事情也是可能的。
九月初八，还没等临近的浚县反应过来，冯克善的军队便到了城下。县城一直被包围了二十多天，却没有攻下。浚县知县没有强克捷那么有名，然而于满清政府而言，他是绝对称职的。在这二十多天中，他率领政府军奋力抵抗，即使已经疲惫不堪，“先是士座有疲惫者，呼之则起，后则扶之乃起，至是虽扶之有不起者”，但天理教的人马却未能将浚县攻下。清朝的一个县城，其衙门差役并不多，即使临时募兵，也凑不够多少人。由此我们不难看出浚县知县的军事指挥能力了。
滑县迫不得已的提前暴动使得临近的直隶、山东各地震动很大。而在此前几天，直、鲁两地已经发生了多起民杀官的事件。这些事件，又多与天理教有关。九月初六，与滑县临近的直隶长垣县知县赵纶风闻该县有邪教活动，便以“出城查看秋禾”之名外出搜访。到了离县城十八里的苇园村，即被“头缠白布，身穿白衣，手执器械”的天理教徒包围擒杀。然而天理教大规模的暴动已经迫使政府不得不将大部分精力投向戡乱之中，至于知县的被杀事件，已经被暂时搁置了。
九月初七，山东曹县天理教骨干朱成珍被捕。初九晚上，借着不甚明亮的月光的掩护，两、三百名天理教徒向曹县县城发起了进攻。规模虽然比滑县小了许多，但夜色的翼蔽和出其不意的进攻使他们第二天便攻下了县城，千总杨云汉、知县姚国旃被杀，朱成珍获救。就在这一天，山东定陶的天理教徒也攻陷了县城，代理知县贺得瀚被杀，曹州营参将刘凤喈引兵驰援，大败，仅以身免。金乡的知县吴阶倒是颇为能干，本来天理教在金乡有很好的基础，但吴阶手段高明，早早地处理了他们的教首，并且做了充分的准备。等到群龙无首的金乡天理教徒暴动的时候，一切都已在他的掌握之中了。
政府对这次叛乱十分震惊，嘉庆皇帝命令直豫鲁三省的最高指挥官尽快平乱。山西大同镇的官兵驻扎在扼要之处，徐州镇的官兵则迎头北上，以求与直豫鲁三省地方军队将乱民“并力兜围”。为了防止乱民南逃，两江总督百龄亲自率军在徐州驻扎。实际上，当天理教开始暴动之后，政府已经基本控制了大局。而天理教民变又不似白莲教一般，采用游击战术，并且没有统一的组织形式，各支队伍又只顾私利，故而失败已成定局。
就在直豫鲁三省的天理教徒与政府军血战的时候，京畿的教民们在林清的指挥之下攻进了紫禁城，造成了嘉庆所说的“汉唐宋明未有”的“癸酉之变”。
按照祖宗之法，每年七月至九月，皇帝要到避暑山庄围猎，这时候政府的政治中心便转移到了承德。此时的紫禁城中的守卫，是一年中最松懈的时候。林清就利用了这个机会。然而林清的军事才能实在是平庸，他一向不注意培养军事力量，发动百姓，以为凭借密谋、暗杀的方式就可以轻而易举地夺取政权。他原来打算在嘉庆围猎的时候发动攻击，因忌惮官兵人多便没有动手。
在攻打紫禁城之前，他做的准备只是“凑合一百多人，齐上燕郊”。后来，他的意思更明显，“九月十五往京中闹事，官兵们措手不及，必能得手，我们据了京师，就好说了……我们据了京师，不怕皇上不到关东去”。他一直相信自己有“神道”援助，所以也不训练死士，自己也不练武，物质上也没有进行什么准备，就准备“一人一骑破幽州了”。他甚至忘记了李文成的嘱托，不准备等河南兵来了，打算“入城之用数十人”。实际上，河南兵因为提前暴动，已经无法调拨，林清就是等也是没用的。
九月十五日，林清诸人威逼利诱纠合了一百四十多人，从中挑选了七十余人，分两拨围攻紫禁城。政府事先已经得到线报，然而各个机构互相推诿，无人愿为此事负责，所以天理教民们才得以顺利地入城。中午，大家按约定的时间分别聚集在东华门和西华门附近。晌午一到，宫内的两个太监就出来了。但由于东华门的官兵有所警觉，只有五、六个人走了进去，迅速地被围歼了。西华门一路比较顺利，很快就到了隆宗门，门卫的弓箭被他们抢去作为武器。他们还准备进入“大内”。官兵们急忙关闭大门，将乱民阻于门外。几名教徒准备逾墙而入，被后来的道光皇帝匆忙中用鸟枪打翻。后来官兵杀到，发生了一场混战。隆宗门的那个箭头就是此上时射上去的。大部分乱民被杀，到了十六日清晨，残存的几个人开始放火，准备趁乱逃出。但大雨突至，“神道”也没有来援助他们，于是就被搜捕净尽了。在这两日之中，共有七十二名天理教徒被擒被杀，宫中亦有多名太监被揭发出来。林清和他的外甥董国太是十七日清晨被捕的。所有参与“癸酉之变”的人后来都受到了严厉的惩处，家属亲友也受到株连。政府对被捕者进行了四十天的审讯。嘉庆皇帝返京途中，在燕郊颁布了《罪己诏》，却并没有真正罪己，而是将罪责推到了大臣们的头上。
山东的教徒因为缺乏严密的组织和强力的领导，很快就被平息了下去。河南一带则被陕甘总督那彦成调动政府军包围了起来。那彦成在平息白莲教暴动过程中的经验被全部运用在河南。他不希望天理教也采用游击战术，所以采取了围剿的方针。嘉庆对于“癸酉之变”的愤怒一直耿耿于怀，所以他对那彦成的战术极其不满，甚至不顾君主的风度，破口大骂。但那彦成实在是一个称职的官员，面对皇帝的压力依然坚持自己的策略。在经过了道口、司寨、滑县三战之后，天理教民变基本被平息了。李文成在司寨举火自焚，其妻李张氏最后在滑县“阖门自缢，幼女年十二，亦自刎”。其余首脑，或战死，或被俘获。
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