刘病已为史皇孙刘进之子，号皇曾孙，出生数月，即逢巫蛊之祸。

在此之前，征和二年（前91年）正月，丞相公孙贺之子公孙敬声被诬告为巫蛊咒汉武帝、与阳石公主奸，公孙贺父子下狱死；闰四月，诸邑公主与阳石公主、卫青长子卫伉皆坐诛。随后武帝行幸甘泉宫，却病于此处。江充因此作奸，言武帝病于巫蛊。得知武帝生病，皇后和太子的家吏数次前去甘泉问安，却皆不得见。七月，汉武帝命江充为使者治巫蛊，巫蛊之祸正式爆发。

江充与太子刘据有隙，遂陷害刘据，并与案道侯韩说、宦官苏文等四人诬陷刘据谋反。刘据为自保，起兵反抗。终因兵力不敌，庚寅日兵败，携两幼子出奔。同日，皇后卫子夫自尽。刘据长子刘进为安置仅出生月余的儿子刘病已，而未随其父亡走。八月辛亥日，太子刘据拒绝被捕，自尽而死，两位小皇孙遇害。同时，刘病已的祖母史良娣、父亲刘进、母亲王翁须和姑姑（皇女孙）皆在长安遇害。太子皇孙的姬妾（家人子）和门客皆被处死。唯独襁褓中的刘病已逃过一死，被收系郡国在长安的府邸中临时设置的官狱里。

巫蛊之祸案发后，丙吉（邴吉）以原来廷尉监的身份被征召到京城长安，武帝诏令丙吉到郡邸狱追查巫蛊的事。丙吉心里知道卫太子的罪过并无真正事实，于是更为皇曾孙无辜收监难过，便让忠厚谨慎的女囚胡组、郭征卿住在宽敞干净的房间哺育刘病已，私给其衣食，看待甚有恩德。

后元二年（前87年）春二月，刘病已尚不满五岁。汉武帝病重，往来于长杨宫、五柞宫之间，望气者说长安监狱有天子气，汉武帝便派遣内谒者令郭