小风筝的不辞而别，令公孙策一直闷闷不乐。包拯等人来到凤凰村，竟然在这里遇到了前太医令雪医金匮。金大夫和他的师弟、徒弟等人皆隐居于此，为当地百姓做了不少好事。后来由于雪医金匮有病在身，慢慢就不再出诊，记性也变差了，可仍然有高超的医术。金大夫把自己毕生心血写成了一本《金匮医术》，此书引发了众人的兴趣……。小风筝和爷爷封大居然扮成了郡主和王爷来找金匮看病，意外遇到了公孙策。

　　小风筝感激公孙策没有揭穿她的真实身份。正在大家为得到《金匮医术》一书而勾心斗角时，金匮的女弟子二白却意外失踪，众人看到是凤凰的影子带着她的影子走了，大家惊呼“凤凰勾魂”了。恰逢凤凰村的“凤凰节”，有放河灯的习俗，包拯发现二白一直深爱着大师兄大椎，并有了他的孩子。为得到《金匮医术》而抛弃二白的大椎有最大嫌疑，大椎死不承认。

　　大椎随后也在"凤凰勾魂"出现时离奇身亡，金匮受到如此重大刺激，病情也加重。"凤凰勾魂"在村子里之前就发生过，可当地百姓都不愿意再提。凤凰镇捕头赤飞说出了真相：原来两年前，金匮带着三弟子三阳和最小的弟子如心来到这里治好了当地百姓的瘟疫，深受爱戴。可是随后如心的失踪深深刺激了金匮，他大病一场不再记得如心。

　　包拯一行人在查案的过程中发现金匮的管家关门在秘密跟踪他们。包拯找到了案件的关键线索，公孙策也查出了两人的死因。原来三阳在这些人死后就能得到《金匮医术》一书，在确凿的证据面前，三阳虽然被断定为真凶，却仍然难逃“凤凰勾魂”的命运，在牢里遇害，死因和大椎、二白相似。而死前他在与师傅一番意味深长的对话中，承认是自己杀害了大师兄和二师姐，此事看似已经了结。

　　小风筝又一次不辞而别让公孙策有些失落。包拯突然意识到之前对案情的推断是错误的，他们又重新回到了凤凰镇。包拯当众揭穿了"凤凰勾魂"的秘密，只是运用了一个光学原理而造成的假象，更是指出了真正的凶手是金匮，没有人相信这个事实。包拯把各种线索联系在一起，说出了整个故事的缘由，并且道出了金匮和如心鲜为人知的一段感情。