2001年9月11日 
上午8时46分40秒：美国航空公司11次航班（一架满载燃料的波音767飞机）以大约每小时490英里的速度撞向世界贸易中心北楼撞击位置为大楼北方94至98层之间。大楼立即失火洏飞机上的69吨航空燃料燃料倾倒进大楼，更加剧火势整幢大楼结构遭到毁坏。
 被撞击楼层以下的人员开始疏散但所有的3道楼梯都被撞壞，因此被撞击楼层以上的人员无法逃离而世贸南楼的工作人员很快通告南楼的所有人员，称南楼“依然安全”可正常运作。一些人忽略广播通告依然撤离一些人继续工作，还有一些人则聚集在位于南楼第78层和第44层的空中大堂
上午9时02分54秒：美国联合航空175次航班（另┅架满载燃油的波音767飞机）以大约每小时590英里的时速撞入世界贸易中心南楼78至84层处，并引起巨大爆炸飞机以近乎45度的左倾角度撞上南楼，说明劫机者险些错失了目标
飞机的部分残骸从大楼东侧与北侧穿出，掉到6个街区以外的地方但还有1个楼梯间完好无损，因此少数在撞击点以上的人员仍可生还有人听到多次爆炸声响。有一些人认为是两次无关的意外事件而更多的人则马上认为是恐怖袭击。 
两架飞機都满载燃油撞上大楼后都燃起大火，导致大楼的钢结构软化而不能支撑大楼自身的重量在重力的作用下最终倒塌。