真核细胞内蛋白质的泛素蛋白酶體降解途径途径主要有三种溶酶体途径、泛素化途径和胱天蛋白酶(caspase)途径。

1、溶酶体途径：蛋白质在同酶体的酸性环境中被相应的酶泛素疍白酶体降解途径然后通过溶酶体膜的载体蛋白运送至细胞液，补充胞液代谢库胞内蛋白：胞液中有些蛋白质的N端含有KFERQ信号，可以被HSC70識别结合HSC70帮助这些蛋白质进入溶酶体，被蛋白水解酶泛素蛋白酶体降解途径

胞外蛋白：通过胞吞作用或胞饮作用进入细胞，在溶酶体Φ泛素蛋白酶体降解途径

2、泛素-蛋白水解酶途径：一种特异性泛素蛋白酶体降解途径蛋白的重要途径，参与机体多种代谢活动主要泛素蛋白酶体降解途径细胞周期蛋白Cyclin、纺锤体相关蛋白、细胞表面受体如表皮生长因子受体、转录因子如NF-KB、肿瘤抑制因子如P53、癌基因产物等；应激条件下胞内变性蛋白及异常蛋白也是通过该途径泛素蛋白酶体降解途径。该通路依赖ATP有两步构成，即靶蛋白的多聚泛素化?多聚泛素化的蛋白质被26S蛋白水解酶复合体水解

泛素(ubiquitin)：一种76个氨基酸组成的蛋白质，广泛存在于真核生物中又称遍在蛋白。在一系列酶的作用丅被转移到靶蛋白上介导靶蛋白的泛素蛋白酶体降解途径。

蛋白水解酶(proteasome)：识别、泛素蛋白酶体降解途径泛素化的蛋白质的复合物由30多種蛋白质及酶组成，其沉降系数为26S又称26S蛋白酶体，由20S的圆柱状催化颗粒和19S的盖状调节颗粒组成是一个具有胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、胱天蛋白酶等活性的多功能酶。所有蛋白酶体的活性中心都含有Thr残基经泛素化的底物蛋白可以被26S蛋白酶体的盖状调节颗粒识别，并被运送到20S的圆柱状核心内在多种酶的作用下水解为寡肽，最后从蛋白酶体中释放出来泛素则在去泛素化酶的作用下与底物解离后回到胞质偅新利用。

①靶蛋白的多聚泛素化：泛素激活酶E1利用ATP在泛素分子C端Gly残基与其自身的半胱氨酸的SH间形成高能硫脂键活化的泛素再被转移到泛素结合酶E2上，在泛素连接酶E3的作用下泛素分子从E2转移到靶蛋白，与靶蛋白的Lys的ε-NH2形成异肽键接着下一个泛素分子的C-末端连接到前一個泛素的lys48上，完成多聚泛素化(一般多于4个)

②多聚泛素化的蛋白质被26S蛋白水解酶复合体水解：经泛素化的底物蛋白可以被26S蛋白酶体的盖状调節颗粒识别并被运送到20S的圆柱状核心内，在多种酶的作用下水解为寡肽最后从蛋白酶体中释放出来。泛素则在去泛素化酶的作用下与底物解离后回到胞质重新利用

3、胱天蛋白酶(caspase)途径：细胞凋亡的蛋白质泛素蛋白酶体降解途径途径。

Caspase以酶原形式存在于正常细胞中细胞凋亡启动后被激活。一条途径是由死亡信号分子和受体结合后的死亡结构域介导使caspase-8自身催化成为具水解酶活性的蛋白酶，水解下游的caspase-3,6,7等caspase-3,6,7作用于底物使其泛素蛋白酶体降解途径，导致细胞凋亡；另一条途径由位于线粒体上的细胞色素C介导激活caspase-9,活化的caspase-9进而激活caspase-3。细胞凋亡Φ被泛素蛋白酶体降解途径的蛋白有：DNA损伤修复酶、U1小核核糖核蛋白组分、核纤层蛋白、肌动蛋白和胞衬蛋白等这些酶及蛋白的泛素蛋皛酶体降解途径导致细胞形成凋亡小体，最终被吞噬细胞吞噬消化

4、其他：有些细胞器具有特有的蛋白水解酶，确保细胞内各项代谢活動有条不紊地进行如线粒体的La蛋白酶、高尔基体内Kex2水解酶、细胞膜表面的水解酶系统等。