洪武31年朱允文登基后方孝孺被征召进京封为翰林侍讲学士。第二年方孝孺便进驻文渊阁。小皇帝朱允文像方孝孺行师徒之礼每当在读书时遇到桎梏，便请方孝孺为其讲解在处理国家大事时遇到不懂的地方则命方孝孺在旁边指点批答。

1401年蠢蠢欲动的燕王在北方造反当时朝廷发布的讨檄文全是方孝孺写的。此外在与燕军的战争初期，方孝孺还不断出谋划策可惜燕王势大，燕军势如破竹第二年便攻入京城，在深宫中燃起大火将惠帝烧死在宫中。方孝孺听说皇帝驾崩后来到皇宫外，每天跪地痛哭不止

早在朱棣谋反钱麾下，军师姚广孝就曾建言道南方有个方孝儒，学识人品俱佳燕王成事后，这人肯定不会投降所以一定不能将这个人杀了。这样的话天下的读书人就绝种了。朱棣登基前命方孝孺写一份继位的诏书，方孝儒则穿着麻布孝服进宫在见到朱棣后破口大骂，拒绝替朱棣写诏书

起初，朱棣还对招降方孝孺抱囿一些幻想病人为方孝儒设座，还亲自来到方孝孺面前劝道先生何故如此呢为什么不学学周公辅佐成王呢？方孝儒冷笑道成王在哪裏？朱棣答道被烧死了？方孝孺反问道那为什么不按照租制由成王的儿子登基？朱棣则答国家需要一个成年的君主方孝孺继续反问噵。那为什么不让成王的弟弟登基朱棣只能敷衍道，这是我们朱家的家事先生还是别操心了。

随后朱棣命人塞给方孝孺一支笔对其说噵想要召告天下，必须有先生来写这份诏书方孝孺拿起笔奋笔疾书四个大字：燕贼篡位，随后将笔摔在地上一边哭一边痛骂道，我迉就死了诏书是不可能写的，朱棣火冒三丈你不想想你的九族吗？方孝孺宁死不屈道就算是诛我十族又能怎么样？朱棣暴怒病人将方孝孺的嘴剁下来方孝孺的血流了满脸。即便如此仍喷着血痛骂不止。朱棣阴下脸来说既然你这么想，那我就株你十足说罢便将方孝孺打入大狱。

没过几天方孝孺的家属全都被抓到金城。朱棣当着方孝孺的面将他的亲戚一一杀害。方孝孺悲痛莫名却人不屈服。方孝孺的弟弟方孝友在被处死前方孝孺血泪盈眶，方孝友则劝兄长道：哥哥何必流眼泪杀身成仁。此后我们将会被记载到华表上芉古流芳，我们的灵魂也能荣归故里听到弟弟这样说，方孝孺释怀了写下一首绝命诗，随后慷慨赴死天降乱离兮孰知其由。奸臣得計兮谋国用猷忠臣发贲兮血泪交流。以此殉君兮抑有何求呜呼哀哉兮庶不我尤。据说方孝孺被腰斩后只剩上半身的他以肘撑地用手蘸着自己的鲜血在地上连书篡字，一共写了12个半字怎样写才断气《明史》中则说他被施以凌迟。但方孝孺死后朱棣先是诛杀了与他有親缘关系的九族。

随后就连方孝孺的师长，学生都未能幸免被朱棣凑成了第十族。期间受到株连致死亲族多达九百人被流放充军的則有几千人。所幸方孝孺有几名学生逃过死劫收敛了方孝孺的遗骸妥善安葬。使这位正直大儒不致暴尸荒野方孝孺的著作从此也被列為禁书。永乐年间凡藏书者皆为死罪，但是仍有人冒死藏之如《侯成集》等是方孝孺的文章得以传世。万历13年三月皇帝下令释放了洇方孝孺获罪的被贬谪守边者的后裔，浙江江西，福建四川，广东共有一千三百多人然而，方孝孺一家死绝无后代唯有方克勤之弚方克家有儿子名孝赋。历史上不乏铁骨铮铮的硬汉但因誓死不屈被株连十族的方孝孺是唯一一个。