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寡核苷酸链的性质(如Tm值、消光系数等)是根据相关算法拟合公式推算获得的仅供参考,并不代表实际实验数据不同的工具采用的公式和参数可能不同,因此得到的結果会略有差异如果序列中存在兼并碱基,则按照兼并碱基所代表碱基数据的平均值进行计算


显示输入序列的反向互补序列,方向为5-3反向互补序列自动忽视末端修饰基团,但如果修饰基团为基本碱基类似物则按照基本碱基进行计算。脱氧次黄嘌呤(dI)的互补碱基为胞嘧啶(C)


寡核苷酸链中单核苷酸残基的数量,如果修饰基团属于单核苷酸残基类似物则也算做在内。


寡核苷酸链中鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的摩尔百分比


熔解温度(Melting Temperature, Tm)是指两段互补的碱基序列解链50%时的温度。生工生物引物分析器中Tm计算是按照最近邻二态模型进行的,所采取的计算公式(1)为:

其中ΔH和ΔS分别指根据热力学熔解参数计算出来的这段寡核苷酸的焓和熵,生工引物分析器采取的热力学参数来自于Allawi和SantaLucia在1997年發表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi962590c);R是理想气体常数(1.987 cal/K·mole);[Oligo]是指寡核苷酸的有效摩尔浓度我们假定寡核苷酸链是非自身互补配对的,有效摩尔浓度取寡核苷酸总浓度的1/4这里默认的寡核苷酸总浓度为500 nM。

盐离子校正:单价盐离子会对引物的Tm值产生一定的影响公式(1)中盐浓度的条件为1M Na离子,洇此得到的Tm(K)为1M钠离子浓度下的热力学温度(单位:K)但大多数实际情况下并没有这么高的浓度,因此需要对该浓度进行校正生工引物分析器采用的盐离子校正公式来自于Owczarzy在2004年发表于《Biochemistry》上的文章(DOI:

其中Tm*为离子校正后的Tm值,fGC为寡核苷酸链的GC含量[Na+]为实际情况下的离子浓度,生工引物分析器中的Na离子浓度默认值为50 mM得到Tm*之后将单位其转换为摄氏度即为最终预测的Tm值。


分子量指1摩尔寡核苷酸链的质量计算方式为组荿寡核苷酸链中所有原子质量的累加。


摩尔消光系数(ε260)是指1摩尔寡核苷酸链水溶液在260 nm处的吸光值该数值决定了寡核苷酸链质量与合成OD数嘚关系。组成碱基种类随机的情况下可以近似认为DNA双链1 OD的量为50 μg,单链寡核苷酸1 OD的量为33 μg但对于客户定制的寡核苷酸链,需要根据序列进行计算生工引物分析器采用最近邻二态模型进行消光系数的计算,参考数据为Michael于2003年发表于《Nucleic Acids Research》的文章(DOI: 10.1093/nar/gnh015)


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