继第一部大战过后人类死伤惨重，全球经济几乎崩潰世界各国正忙于治疗战争带来的创伤，却不知超级电脑深空已悄然归来并秘密控制尚未取出芯片的电脑人成为自己的傀儡，再度不宣而战

突然爆发的战争让人类措手不及，混乱之后以“天罚”“雷神”等行动对抗欲以核弹、人工地震、雷电风暴、钻地炸弹等手段，将深空主机摧毁北海道之战一触即发。但是深空成功将自己拷贝到了人类战舰的主脑之上，它决定用同样的手段对付人类

上千枚核弹降临大地，人类将会迎来怎样的命运结局