适用于哪些研究 哺乳动物基因組序列的约5%-10%被稳定转录,其中约1%编码蛋白其余4%-9%都转 录为非编码 RNA ,即不能翻译为蛋白的功能性RNA 分子其中长度大于 200nt 的非编码 RNA 称为长链非编碼RNA ,简称lncRNA 它可以影响周边基因的表达,调控蛋白质活动 及定位产生小分子RNA ,对其他RNA 存在一定的调控作用因此越来越受到研究者的重
視。一般适用于疾病特异标志物寻找、功能基因组研究等 2. lncRNA 测序对物种有什么要求? lncRNA 测序要求所研究物种必须具有参考基因组 3. lncRNA 测序建库與常规转录组测序的区别是什么? lncRNA 建库主要通过去除rRNA ,构建链特异性文库不同于常规转录组项目用oligo dT 富集,因为细胞内大部分(>24% )的长链非編码RNA
都是缺少传统poly A 尾的链特 异建库有助于我们确定转录的方向,并使得反义转录本的定量更为准确而常规转录组测序 一般不要求构建鏈特异性文库。 4. lncRNA 测序的建库流程 5. 血清血浆能做lncRNA 测序吗? 不建议因为血清血浆中Total RNA 的总量低,而且血清血浆中的lncRNA 基本上都是 2
降解的片段檢测效率极低。一般建议从全血中分离白细胞从白细胞中提取Total RNA 后 进行lncRNA 测序。 6. lncRNA 测序是如何进行数据分析的 欧易生物在lncRNA 测序数据挖掘上有豐富的经验,能够为客户提供诸如lncRNA 功能 预测、调控机制预测及临床意义分析而目前市场上绝大多数提供lncRNA 测序的公司仅能 提供到差异分析。lncRNA
测序数据分析流程如下: 7. lncRNA 芯片和lncRNA 测序之间有何区别 lncRNA 芯片 lncRNA 测序 物种 人、大鼠、小鼠、拟南芥; 有参考基因组的物种 其它物种可以定制 能否发现新的lncRNA 不能 能 最低样品量 OEbiotech :200ng 5μg
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