沧源古时俗称佧佤山区或阿佤山區部份地区称“葫芦王地”。1937年设沧源设治局因在澜沧江支流之源而得名。西汉属古哀牢国地东汉属永昌郡哀牢县。三国蜀汉属益州哀牢县西晋至南朝梁属宁州永昌郡。北朝州至隋属濮部唐南诏国属永昌节度望部。宋大理国属永昌府元朝时南部及东北部属木连蕗军民总管府，西部及中部属孟定路军民总管府明初属孟连长官司，万历十三年（1585）属耿马土司上隶孟定府。清光绪十四年（1888）属镇邊直隶厅上隶顺宁府。

民国初年在勐角董土司地设沧源行政委员会归迤南道管辖（1914年迤南道改为普洱道）。民国4年（1915）镇边县改名澜滄县沧源地仍归其管辖，划为澜沧县第11区民国23年（1934）4月，澜沧县勐角、勐董、大蛮海、岩帅四土司改流民国26年（1937）9月改沧源设治局。民国29年（1940）5月沧源设治局属云南省第一行政督察区（驻宁洱县）。民国31年（1942）属云南省第四行政督察区（驻宁洱县）。民国37年（1948）属云南省第九行政督察区（驻缅宁县）。

1949年4月成立了沧源临时人民政府，属宁洱专区1951年3月7日，沧源县成立民族民主联合政府1951年4月2ㄖ，政务院批准洱：将宁洱专区更名为普洱专区沧源设治局属普洱专区。1952年11月21日政务院批准：撤销沧源设治局，设立沧源县属普洱專区（1951年3月成立沧源县人民政府，驻地岩帅）1952年11月25日内务部【内民字第634号】批复：设立缅宁专区，原普洱专区的沧源县划归缅宁专区；姩末县政府迁驻勐董1954年6月30日，政务院批准：缅宁专区更名为临沧专区沧源县隶属临沧专区。

1958年9月24日国务院全体会议第80次会议决定：撤销沧源县。设立沧源佧佤族自治县自治县的行政区域为原沧源县的行政区域。1963年9月13日国务院批准：沧源佧佤族自治县改名为沧源佤族自治县。1964年2月28日正式成立沧源佤族自治县1970年，临沧专区改为临沧地区沧源佤族自治县隶属临沧地区。2003年12月临沧撤地设市，沧源县屬地级临沧市

1996年，沧源佤族自治县面积2445平方千米人口约15.4万人。辖3个镇、8个乡：勐董镇、岩帅镇、勐省镇、勐角傣族彝族拉祜族乡、班洪乡、南腊乡、糯良乡、单甲乡、班老乡、勐来乡、去团结乡乡县政府驻勐董镇。

2000年第五次人口普查沧源佤族自治县常住总人口202579人，其中：勐董镇45443人岩帅镇16242人，勐省镇22667人去团结乡乡14755人，单甲乡10347人糯良乡13247人，勐来乡14080人勐角乡13615人，班洪乡9633人南腊乡34666人，班老乡7884人

2002姩，撤销南腊乡设立芒卡镇（省政府2002年7月1日批准）2004年8月26日，《关于沧源县单甲乡政府驻地迁移的批复》（云政复[2004]85号）同意沧源佤族自治縣单甲乡政府驻地由单甲村委会单甲村迁至永武村委会永董村2005年，沧源佤族自治县撤销去团结乡乡其行政区域并入岩帅镇，岩帅镇政府驻地不变

2006年末，全县辖勐董、勐省、岩帅、芒卡4个镇单甲、糯良、勐来、勐角、班洪、班老6个乡，共有93个村（居）委会596个自然村，806个村民小组总户数4.5万户，总人口17万人其中佤族有13.88万人，占全县总人口的81.6％约占全国佤族总人口的38％。

2007年12月12日《关于沧源佤族自治县岩帅镇人民政府驻地迁址的批复》（云政复（2007）68号）同意岩帅镇人民政府驻地由岩帅大寨迁移至去团结乡村。

2010年第六次人口普查沧源佤族自治县常住总人口179098人，其中：勐董镇35741人岩帅镇32486人，勐省镇23530人芒卡镇13689人，单甲乡11080人糯良乡14665人，勐来乡14443人勐角乡13990人，班洪乡10587人班老乡8887人。