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目前科学家怀疑造成自闭症的原因有：1）基因突变引起某些特定基因的多态性；2）基因表达时的表观遗传变异；3）环境污染；4）母亲怀孕期间的病原体感染；5）睡眠问题；6）胃肠道代谢功能障碍；7）免疫调节异常；8）肠道大脑连接的失衡；9）氧化应激反应；10）线粒体功能障碍；11）发育过程中的神经炎症。然而，在所有这些因素中，是谁直接造成了自闭症仍然是一个需要探讨的问题。自闭症与肠道疾病我们的肠道粘膜总是不断地受到食物中的抗原、微生物、化合物和过敏原的刺激，一不小心就会激起身体的免疫反应，造成炎症甚至最终发展成为癌症。很大部分自闭症儿童也饱受腹泻、呕吐、腹痛、慢性便秘和胃食管返流等胃肠道疾病之苦。在他们体内，能够观察到胃肠蠕动异常和肠道渗透率的增加。在一个样本量超过15000人的研究中发现，比照对照组，自闭症患者普遍出现炎症性肠病和其他胃肠道疾病。粘膜微生物的损伤和变化也在自闭症儿童中被大量报道。大量的研究表明，肠道微生态的变化促进了肠道渗透率，造成了肠漏症。这种情况造成了微生物产物和细胞因子进入到血液循环中，造成神经系统发育障碍。自闭症可能就是这种情况造成的恶果。自闭症与肠道菌群越来越多证据证明肠道菌群的组成与个体行为相关，特别是在自闭症患者中。但如上文所述，科学家们只是刚开始了解肠道里的细菌是怎么影响大脑的。免疫系统肯定参与其中，中枢神经系统也肯定逃不掉，而细菌代谢产物也在发挥核心重要的作用，比如，至少有两种肠道细菌产生神经递质γ-氨基丁酸。微生物代谢产物，能进入包括人在内的哺乳动物血液循环，并穿过血脑屏障进而影响神经系统发育。他们能促进或减弱包括自闭症在内的神经障碍疾病。自闭症与新生儿肠道菌群科学家们发现，微生物是在动物发育的最早期对大脑发育产生最大的影响。在小鼠试验中，科学家发现，剖腹产的小鼠比自然顺产的小鼠更为焦虑并能观察到抑郁症状，而它们的肠道菌群完全不一样。剖腹产的小鼠，在生产过程中无法获得母鼠阴道中的细菌进而定殖在它们体内，有可能影响终身的精神健康。一些研究表明，母亲如在孕期遭受严重感染，孩子具有患自闭症的巨大风险，被病原体感染的母亲生下来的孩子的肠道菌群发生了变化，特别是在感染期间使用了抗生素的妈妈，她们可能因此带给自己孩子一生的精神残疾。还有针对母乳喂养的研究，发现母乳喂养的婴儿的肠道菌群有利于大脑发育。这个机制可能与胰岛素样生长因子IGF的生成有关，而IGF与婴儿脑细胞的正常生长和发育相关联，同时也是自闭症的一种生物标志。母乳中的寡聚糖益生元促进了婴儿肠道有益菌群的生长。
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